При инициализации, fvwm ищет в файле конфигурации описания клавиш, назначения кнопок мыши и т.п. Формат этого файла будет приведен ниже. Сперва fvwm ищет фаил .fvwmrc в домашнем каталоге польдователя. В случае неудачи, fvwm попытается найти и просмотреть файл /usr/lib/X11/fvwm/system.fvwmrc с различной системной информацией. Если же и такой файл не будет найден, fvwm закончит работу.
Fvwm устанавливает две переменные окружения, которые в дальнейшем наследуются его потомками. Это переменная $DISPLAY - описывающая дисплей с которым fvwm работает. $DISPLAY может иметь значение unix: 0.0 или :0.0, который работает хуже при доступе через rsh с другой машины. Переменная $HOTDISPLAY содержит сетевое описание дисплея. $HOTDISPLAY всегда используется TCP/IP протоколом доступа, так как это позволяет применять Unix-domain сокеты, которые вообще-то быстрее.